Stručný přehled postupu při legalizaci studny.

1. Dodatečně zlegalizovat studnu lze pouze tehdy, pokud stavebník nebo její vlastník prokáže, že není umístěna v rozporu se záměry územního plánování, zejména s územně plánovací dokumentací a s územním opatřením o stavební uzávěře nebo s územním opatřením o asanaci území, není prováděna či provedena na pozemku, kde to zvláštní právní předpis zakazuje nebo omezuje, není v rozporu s obecnými požadavky na výstavbu nebo s veřejným zájmem chráněným zvláštním právním předpisem.
2. Hydrogeolog navštíví pozemek, aby mohl posoudit přímo na místě studnu i poměry, ve kterých je studna umístěna. Pokud shledá, že je legalizace studny možná, tak ve svém písemném vyjádření navrhne podmínky,  za kterých by bylo možné vydat rozhodnutí o povolení odběru podzemní vody. Jestliže legalizaci studny brání jen závady, které jsou odstranitelné, tak své kladné vyjádření podmíní jejich odstraněním.
3. Na základě vyjádření hydrogeologa vypracuje autorizovaný inženýr pro vodohospodářské stavby předepsané dokumentace pro územní a vodoprávní řízení.
4. Stavebník požádá na předepsaném formuláři stavební úřad o dodatečné územní rozhodnutí o umístění stavby vodního díla a svou žádost doloží předepsanou dokumentací ve stejném rozsahu, jako k žádosti o územní rozhodnutí o umístění stavby.
5. Stavební úřad buď vydá souhlas k dodatečnému povolení stavby studny vodoprávním úřadem, nebo žádost zamítne kvůli rozporům s územně plánovací dokumentací či obecně platnými předpisy, anebo zahájí územní řízení. Účastníky územního řízení je žadatel, obec, majitelé okolních pozemků a staveb na nich a dotčené orgány a organizace. O výsledku řízení vydá stavební úřad rozhodnutí, které nabude právní moci 15 dní po jeho vyvěšení na úřední desce, anebo po převzetí posledním obeslaným účastníkem řízení, pokud se nikdo z nich neodvolá.
6. Na základě souhlasu stavebního úřadu, anebo kladného územního rozhodnutí o umístění stavby studny, požádá stavebník na předepsaném formuláři vodoprávní úřad o dodatečná povolení ke stavbě studny a k odběru podzemní vody. Svou žádost doloží předepsanou dokumentací ve stejném rozsahu, jako k žádosti o stavební povolení a vyjádřením hydrogeologa k požadovanému nakládání s podzemními vodami.
7. Po podání žádosti o dodatečné povolení studny vodoprávní úřad podle §129 odst. 2 a 3 zákona č. 183/2006 Sb. zahájí řízení o odstranění nepovolené stavby, toto řízení přeruší a vede řízení o podané žádosti. Účastníky řízení je žadatel, obec, majitelé okolních pozemků a staveb na nich a dotčené orgány a organizace. O výsledku řízení vydá vodoprávní úřad rozhodnutí, které nabude právní moci 15 dní po vyvěšení na úřední desce, anebo po převzetí posledním obeslaným účastníkem řízení, když se nikdo z nich neodvolá.
8. Bude-li studna dodatečně povolena, vodoprávní úřad zastaví řízení o odstranění stavby a vyzve stavebníka k podání žádosti o vydání kolaudačního souhlasu. Stavebník v žádosti uvede identifikační údaje o stavbě a předpokládaný termín jejího dokončení. Stavební úřad do 15 dnů ode dne doručení žádosti stavebníka stanoví termín provedení závěrečné kontrolní prohlídky studny a současně uvede, které doklady při ní stavebník předloží.
9. Při závěrečné kontrolní prohlídce vodoprávní úřad zejména zkoumá, zda byla studna provedena v souladu s vydaným stavebním povolením a ověřenou projektovou dokumentací a zda jsou dodrženy obecné požadavky na výstavbu. Jestliže stavební úřad nezjistí závady bránící bezpečnému užívání studny nebo rozpor se závaznými stanovisky  dotčených orgánů k užívání studny, vydá do 15 dnů ode dne provedení závěrečné kontrolní prohlídky kolaudační souhlas, který je dokladem o povoleném účelu užívání studny. Kolaudační souhlas není správním rozhodnutím.
10. Jsou-li na studni zjištěny závady bránící jejímu bezpečnému užívání nebo rozpor se závaznými stanovisky dotčených orgánů, vodoprávní úřad kolaudační souhlas nevydá a rozhodnutím, které je prvním úkonem v řízení, užívání studny zakáže; účastníkem řízení je stavebník, vlastník studny, popřípadě budoucí uživatel studny. Odvolání proti rozhodnutí nemá odkladný účinek. Stavebník oznámí písemně odstranění nedostatků stavebnímu úřadu, který po ověření, že oznámení odpovídá skutečnosti, vydá kolaudační souhlas do 15 dnů ode dne, kdy mu došlo oznámení stavebníka.